Принцип дезінфекції гіпохлориту натрію в основному включає три аспекти:
Хлорноватиста кислота утворюється шляхом гідролізу, а хлорноватиста кислота далі розкладається з утворенням нового екологічного кисню. Сильна окислювальна властивість нового екологічного кисню денатурує такі речовини, як білки, на бактеріях і вірусах, тим самим вбиваючи патогенні мікроорганізми.
Хлорноватиста кислота може проникати в бактерії (віруси) і реагувати з органічними полімерами, такими як бактеріальні (вірусні) білки, нуклеїнові кислоти та ферменти, тим самим вбиваючи патогенні мікроорганізми.
Хлорид-іони, що виробляються хлорноватистою кислотою, можуть значно змінити осмотичний тиск бактерій і вірусів, внаслідок чого їхні клітини втрачають активність і гинуть.