Окрім шкідливих речовин, у стічних водах міститься незліченна кількість бактерій і вірусів. Тому дезінфекція хлором широко використовується для знищення бактерій і вірусів у воді на стадії витікання водопровідної води та очисних споруд.
При обробці промислової циркулюючої охолоджувальної води хлор також використовується для стерилізації та видалення водоростей. У процесі циркуляції охолоджуючої води, завдяки випаровуванню частини води, поживні речовини у воді концентруються, а бактерії та інші мікроорганізми будуть розмножуватися у великих кількостях і легко утворювати слизовий бруд. Занадто багато слизового бруду призведе до закупорки труби та корозії.
Хлорування зазвичай передбачає введення хлору у воду для знищення бактерій та інших мікроорганізмів, як правило, у пляшковий хлор.
Щоб підтримувати бактерицидний ефект, залишковий хлор завжди повинен бути на рівні {{0}},5 ~ 1 мг/л у скинутій воді та в кінці водопровідної мережі на рівні 0 0,05 ~ 0,1 мг/л.